Ο Ιωάννης Καποδίστριας υπήρξε ένας από τους μεγαλύτερους Έλληνες. Ίσως αυτό ήταν και η αιτία που τόσο νωρίς, τόσο άδοξα και καταστροφικά για το έθνος κατέληξε στον τάφο. Από τη στιγμή που αποδέχτηκε να κυβερνήσει την ρημαγμένη καθόλα Ελλάδα, έθεσε όλο του το είναι στη διάθεση της Πατρίδας.

Στο έργο του αυτό ήρθε αντιμέτωπος με ντόπια και ξένα συμφέροντα, τα οποία συνασπίστηκαν εναντίον του και εν πολλοίς συνεργάστηκαν στην δολοφονία του. Ο Καποδίστριας, έχοντας να αντιπαλέψει χίλια μύρια προβλήματα, κατάφερε στα λιγότερα από τρία χρόνια της διακυβέρνησής του να αφήσει πίσω του ένα ιδιαίτερα πλούσιο έργο, παρά τα όποια σφάλματά του. Το έργο του όμως θα ανατρέπονταν εκ των έσω, πιθανότατα με τη “βοήθεια” Βρετανών και Γάλλων.
Σε κάθε περίπτωση, είτε σκότωσαν οι Μαυρομιχάληδες τον Καποδίστρια – άποψη που από ορισμένους αμφισβητείται – είτε άλλοι, οι ηθικοί αυτουργοί της δολοφονίας σίγουρα δεν ήταν μόνο Έλληνες. Ο ίδιος ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, το 1840, ακούγοντας κάποιον να κατηγορεί τον Καποδίστρια, ανέφερε: «Δεν μετράς καλά φιλόσοφε… Ανάθεμα στους Αγγλογάλλους που ήσαν η αιτία κι εγώ έχασα τους δικούς μου, και το Έθνος έναν άνθρωπο που δε θα τόνε ματαβρεί, και το αίμα του με παιδεύει ως τώρα…».
Η απόφαση του Ιωάννη Καποδίστρια να προχωρήσει στη διανομή των Εθνικών Γαιών στους φτωχούς αγωνιστές, φαίνεται ότι αποτελούσε ένα ακόμα σημείο τριβής του Κυβερνήτη με τους Έλληνες προύχοντες και τους ξένους δανειστές, αφού η εθνικές γαίες αποτελούσαν το μοναδικό περιουσιακό στοιχείο του ελληνικού κράτους και άρα εγγύηση για αποπληρωμή των επαχθών δανείων που είχαν χορηγηθεί στην Ελλάδα.
Η Μάνη, απόλυτα ελεγχόμενη από τον Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη είχε στασιάσει κατά του Καποδίστρια και ετοίμαζε ένοπλα τμήματα. Ο Καποδίστριας συνέλαβε τον Πετρόμπεη, αλλά η κατάσταση επιδεινώθηκε από την εξέγερση της Ύδρας. Υπό την ηγεσία της οικογένειας Κουντουριώτη και την πολιτική καθοδήγηση του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου, οι Υδραίοι επαναστάτησαν, ζητώντας από τον Καποδίστρια να τους επιστρέψει τα χρήματα που είχαν ξοδέψει στον Αγώνα του 1821, κατέλαβαν τον ναύσταθμο του Πόρου, και με πρωτεργάτη τον Ανδρέα Μιαούλη, πυρπόλησαν πλοία του στόλου, ανάμεσά τους και τη την φρεγάτα «Ελλάς».

Είναι απόλυτα τεκμηριωμένη η ενθάρρυνση, για να το θέσουμε επιεικώς, των στασιαστών από τις Μεγάλες Δυνάμεις, Βρετανία και Γαλλία. Ο μεν Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης υποστηριζόταν ανοικτά από τον Γάλλο πρέσβη, η δε οικογένεια Κουντουριώτη και ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος ήταν οι απόλυτοι εκφραστές των βρετανικών συμφερόντων στην Ελλάδα. Και Γάλλοι και Βρετανοί θεωρούσαν τον Καποδίστρια ενοχλητικό όργανο της ρωσικής πολιτικής στη Μεσόγειο.
Ο ίδιος ο Καποδίστριας είχε γνώση για τους σχεδιασμούς των συγκεκριμένων ξένων δυνάμεων εναντίον του. Στις 31 Ιουλίου 1831, σε επιστολή του προς τον Γάλλο ναύαρχο Λαλαντέ έγραφε: «Εγώ δε, και τις δολοπλοκίες όλων σας τις εγνώριζα, αλλά έκρινα ότι δεν έπρεπε με κανένα τρόπο να κόψω το νήμα της συνεργασίας μαζί σας, γιατί έδινα προτεραιότητα στην ανόρθωση και στην ανασυγκρότηση της Ελλάδος. Αν έκοβα τις σχέσεις με τις λεγόμενες προστάτιδες Δυνάμεις, τούτο θα ήταν εις βάρος της Ελλάδος και δεν ήθελα με κανένα τρόπο να προσθέσω βάρος και στη συνείδησή μου. Και άφησα τα πράγματα να λαλήσουν μόνα τους…».
Δύο μήνες αργότερα έστειλε στον Έλληνα πρέσβη στο Παρίσι Αλέξανδρο Σούτσο επιστολή με την οποία του ζητούσε να προβεί σε σχετικά διαβήματα στη γαλλική κυβέρνηση, για την ανάμιξη των Γάλλων στις αντικυβερνητικές ενέργειες της Ύδρας και της Μάνης και για την ανοιχτή σύμπραξη και τη βοήθειά τους προς τους αντικυβερνητικούς, που ήταν μέλη του Αγγλικού και του Γαλλικού κόμματος.
Η δολοφονία του Καποδίστρια φαίνεται τελικά πως οργανώθηκε από τον Γάλλο πρέσβη Ρουάν και τον Βρετανό ομόλογό του Ντόκινς, που εκτελούσαν οδηγίες των κυβερνήσεών τους. Άλλωστε είχαν επιχειρήσει και προηγουμένως να σκοτώσουν τον Καποδίστρια, μέσω Μαυροκορδάτου!
Ο Μαυροκορδάτος είχε τότε πληρώσει με 25.000 γρόσια τον καμαριέρη του Καποδίστρια, Νικολέτο, για να τον δηλητηριάσει. Αυτός όμως αν και αρχικά δέχτηκε, άλλαξε γνώμη και μάλιστα ενημέρωσε τον Καποδίστρια. Όταν η απόπειρα αυτή απέτυχε ξέσπασαν οι επαναστάσεις σε Μάνη – με την συνδρομή γαλλικών στρατευμάτων – και στην Ύδρα.
Ο αδερφός του Πετρόμπεη, Κωνσταντίνος, και ο ανιψιός του, Γεώργιος, τέθηκαν υπό από αστυνομική επιτήρηση. Ο πολιτάρχης, όπως λεγόταν τότε ο αρχηγός της αστυνομίας, αντί να αλλάζει κάθε βδομάδα τους δύο χωροφύλακες συνοδούς των Μαυρομιχάληδων, όπως είχε εντολή, τους άφησε 40 μέρες. Έτσι έγιναν τελικά συνεργοί. Λίγες μέρες πριν από τη δολοφονία του Καποδίστρια, οι Μαυρομιχάληδες, μαζί με τους συνοδούς τους χωροφύλακες, αγόρασαν νέα όπλα από το οπλοπωλείο του Παξιμάδη, στο Ναυπλίου.
Η δολοφονία
Την Παρασκευή, 25 Σεπτεμβρίου, μια ηλικιωμένη γυναίκα κατήγγειλε στην αστυνομία ότι άκουσε τους Κωνσταντίνο και Γεώργιο Μαυρομιχάλη να κουβεντιάζουν με τους δυο χωροφύλακες φρουρούς τους ότι έπρεπε να σκοτώσουν τον Καποδίστρια το Σάββατο, 26 Σεπτεμβρίου, μπροστά στην εκκλησία. Η αναφορά έφτασε στον αρχηγό της αστυνομίας, ο οποίος δεν αντέδρασε.
Το Σάββατο όμως ο Καποδίστριας ήταν άρρωστος και δε βγήκε από το σπίτι. Έτσι η επιχείρηση αναβλήθηκε για την επομένη. Το επόμενο πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831, ο Ιωάννης Καποδίστριας βγήκε από το σπίτι του, στο Ναύπλιο, για να πάει στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος. Εκεί περίμεναν οι Μαυρομιχάληδες και οι δύο χωροφύλακες. Πιστεύεται πως του επιτέθηκαν και οι τέσσερις αλλά και πάλι αυτό αμφισβητείται από ορισμένους μελετητές που αναφέρουν πως οι Μαυρομιχάληδες δεν επιτέθηκαν καν στον κυβερνήτη.
Ο σχεδιασμός της δολοφονίας ανήκε μάλλον στον Γάλλο στρατηγό Ζεράντ, διοικητή τότε του τακτικού στρατού, με ανάμιξη και Ελλήνων αξιωματικών, όπως του λοχαγού Φώτιου Αγγελίδη. Δύο μήνες πριν από τη δολοφονία, οι αξιωματικοί του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο στις μεταξύ τους συζητήσεις επιβεβαίωναν ότι πλησίαζε η ημέρα που θα «ξεφορτώνονταν» τον Καποδίστρια.
Επίσης ενδεικτικές είναι και οι τελευταίες λέξεις του Κωνσταντίνου Μαυρομιχάλη, όπως τις μεταφέρει ο στρατηγός Κασομούλης στα απομνημονεύματά του. «Δεν φταίω εγώ στρατιώται, άλλοι με έβαλαν», κραύγασε ο Μαυρομιχάλης πριν πέσει νεκρός, έχοντας πυροβοληθεί από τον σωματοφύλακα του Καποδίστρια και δεχόμενος τα χτυπήματα του πλήθους. Η στάση δε του Γάλλου Πρέσβη Ρουάν , ο οποίος μετά τη δολοφονία έδωσε άσυλο στον Γεώργιο Μαυρομιχάλη και αρνήθηκε να τον παραδώσει στον φρούραρχο του Ναυπλίου, Πορτογάλο συνταγματάρχη Αλμέιδα, αποτελεί σαφή απόδειξη. «Σκοτώσαμε τον τύραννο. Μπιστευόμαστε την τιμή της Γαλλίας. Να τα άρματά μας», είπε ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης στον Γάλλο πρέσβη, σύμφωνα με τον Κασομούλη.
Η Γαλλία πάντως μέσω του πρέσβη και του στρατιωτική τους ακολούθου δεν έπαψε να υπερασπίζεται τους κατηγορούμενους. Ο στρατιωτικός ακόλουθος της Γαλλίας έφτασε στο σημείο να απειλήσει τους Έλληνες στρατοδίκες που δίκαζαν τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη και τους δύο  συνεργούς του να μην τολμήσουν να τους καταδικάσουν.
Ο δε Βρετανός πρέσβης απείλησε με διακοπή διπλωματικών σχέσεων με την Ελλάδα αν η δεν σταματούσαν οι κινητοποιήσεις του λαού του Ναυπλίου, που θεωρούσε την Βρετανία συνυπεύθυνη για τον θάνατο του Κυβερνήτη. Αποκαλυπτική είναι και η μαρτυρία του Ρώσου πρέσβη, ο οποίος στην έκθεσή του για τη δολοφονία έγραψε : « …ουδεμία αμφιβολία διατηρώ ότι η δολοφονική χειρ εξοπλίσθη παρά της Αγγλίας …».